L'indice di funzionalità fluviale è un parametro usato per valutare la funzionalità ecologica di un corso d'acqua, intesa come risultato della sinergia tra vari fattori biotici e abiotici presenti nell'ecosistema acquatico e in quello terrestre ad esso collegato. Il progetto userà l'indice come strumento per una corretta pianificazione degli interventi concreti. Quindi il processo di riqualificazione sarà volto alla salvaguardia sia delle aree ripariali esistenti, sia attraverso la realizzazione di nuove fasce perifluviali mediante l'acquisto di terreni. Saranno inoltre ripristinate alcune risorgive e si produrrà un'azione vincolistica per una corretta gestione territoriale atta a soddisfare i canoni delle corretta funzionalità fluviale.